一日三餐有没有科学依据得弄清楚它是怎么来的。
远古时期，人类以采集植物的种子和围猎为生，由于效率低下，采集围猎所得食物勉强维持生存，这时人们基本是随釆随吃，或者饿了就吃。没有吃的东西时就饿着。
随着人类的定居，生活方式由采集和围猎变成了农耕，人们的生活有了计划性。但是生产力水平不高，劳动所得粮食有限，我国秦汉以前都是一天吃两顿饭，到了唐宋时期，生产力水平有所提高，两顿饭的习惯逐步过度到三顿饭。
一日三餐是我国古代农业社会形成的，最合理，最高效的定时进餐制。但是古代日出而作日落而息，劳动强度很大，即使一日三餐，也都是饿了才吃。
综上所述，饿了才吃的基因才是人们进食的主流基因。顺主流基因有利，逆主流基因有害。
现代社会生活水平提高，一日三餐基本没有饥饿感，从遗传学角度看这没什么好处。所以一日三餐没有什么科学依据。但是一日三餐是现代人的进食习惯，它的社会效率很高，人们会逐渐适应它，当人们完全适应它时，它也就合理了。
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一日三餐是自古以来，由两餐逐渐演变过来的，是一个循序渐进的过程，这里面没有什么科学依据，主要是因应生产力的发展、社会进步的需求。
据考证，定时吃饭是从商代开始形成，先秦时期有了固定的两餐制习惯，战国时期由于人们的生产活动范围扩大，开始有了夜宵。
战国时期，在贵族及高级别官员中开始有了加餐的点心，三餐习惯开始出现。隋唐时期，随着经济的发展，一日三餐开始普及，但一日两餐的习惯也没有消失，处于共存状态。
到了明代后期和清朝，由于生产力的迅速发展及西方资本主义的产生，一日三餐开始普及，成了全世界的主流用餐习惯。
