复旦大学上海医学院（原上海医科大学）前身是1927年创办的国立中央大学医学院，[2]是中国人创办的第一所国立大学医学院。
中央大学历史沿革——上海医科大学
1927年7月，国立第四中山大学医学院在上海吴淞创立，颜福庆出任首任院长。
1928年2月，主校更名为国立江苏大学，4月5日开始只称“江苏大学”，同年5月再更名为国立中央大学。随国立第四中山大学更名，学校相继更名为“江苏大学医学院”及“国立中央大学医学院”。
1928年7月，学校接办中国红十字会总医院（今华山医院），为学校第一所实习医院。
1932年，医学院独立为国立上海医学院（简称“上医”），[2]是中国唯一的国立医学院，校务会研究决定了校训、誓言、校歌和校徽等。
1933年10月，成立上海医事事业董事会，颜福庆兼任总干事，向社会各界筹资择地建造新校舍和实习医院。
1934年6月，学校会议决定以“正谊明道”为校训。
1936年9月，国立上海医学院新校舍和中山医院在枫林桥落成，附设护士学校一所。
1937年4月1日，中山医院新院舍开幕典礼、上海医学院新院舍落成、中华医学会第四届大会三大盛事联合举行。
国立上海医学院旧址
1937年8月，日寇入侵上海。全校师生同仇敌忾，在颜福庆院长带领下，积极参加前线伤兵医院救护工作。1939年夏，部分师生迁址云南昆明白龙潭办学，毕业生随军加入中缅救护队。1940年10月，昆明告急，学校辗转迁至四川重庆歌乐山重建校舍。
抗日战争时期，学院内迁至云南、四川等地办学。抗战胜利后迁回上海。[2]
1946年，抗战胜利，国立上海医学院回迁上海。
1949年9月，国立上海医学院改名为上海医学院。[2]
1950年，中央教育部敕令国立大学一律去掉“国立”二字，学校改称“上海医学院”。
1952年，全国高等学校院系调整期间，上海医学院更名为上海第一医学院。同时，学校进行管理体制调整变革，分别建立公共卫生学院、药学院、内科学院、外科学院、妇产科学院、儿科学院、眼耳鼻喉科学院等专科性学院。[2]
同年10月，学校更名为“上海第一医学院”，直属中央卫生部领导。
1956年，朱德同志为学校题写校名。
1959年3月，上海第一医学院被确定为全国重点大学。[2]
1956年，为支持国家“三线”建设，上海第一医学院部份院系及相应重点学科（地方病防治学、高山病学、传染学、神经学、儿科学及内科诊断学）西迁重庆，组建上海第一医学院重庆分校，其附属华山医院、中山医院和儿科医院也部份西迁至重庆，组建为上海第一医学院附属重庆第一医院和重庆市儿童医院，同年，上海第一医学院重庆分院脱离上海第一医学院管理，独立成立重庆医学院（重庆医科大学前身），其在渝附属医院也划归重庆医学院。
“文化大革命”期间，上海第一医学院的教学科研工作受到严重破坏。1977年，恢复全国高考制度后，学校恢复招生。[2]
1978年2月，上海第一医学院重新被确定为全国重点大学。[2]
1981年，经国务院批准，学校成为全国首批博士和硕士学位授予单位。[3]
1985年，经卫生部批准，上海第一医学院改名为上海医科大学。
原国立上海医学院
1995年，上海医科大学通过“211工程”预审，为上海第一所获此资格的高校。
2000年4月27日，上海医科大学和复旦大学合并办学，组建为新的复旦大学。5月，学校在原上海医科大学的架构上建立了复旦大学医学院，受学校委托，在授权范围内负责对原上海医科大学所属的学院（部）、附属医院、科研机构和直属单位实施领导和管理。
2001年1月，学校发文决定，撤销复旦大学医学院（原上海医科大学）党委和行政建制，两校区的职能部门进行实质性归并，实行“横向到边、纵向到底”管理；原医学院所属的各学院、附属医院及放射医学研究所由学校直接管理；成立枫林校区管理委员会，承担上传下达和协调职能。7月，学校宣布撤销基础医学院、中山临床医学院、华山临床医学院和上海市第一人民医院临床医学院建制，成立新的复旦大学医学院，主要承担临床医学、基础医学、法医学和预防医学及公共卫生等医学类专业基础医学的教育教学任务，负有组织协调基础医学、法医学、临床医学教学和学科建设的职能。[4]
2002年4月，学校根据原上海医科大学校友的建议，决定将“复旦大学医学院”更名为“复旦大学上海医学院”。
2012年，各医学院系所重新整合，新的上海医学院成立；“上海医学院”作为复旦大学党政的派出机构，根据学校的授权，在大医口的人才培养、科学研究、学科建设、发展规划、资源配置、对外交流等方面，行使相对独立的管理权限，统筹领导基础医学院（恢复成立）、公共卫生学院、药学院、护理学院、生物医学研究院、脑科学研究院等单位，统筹管理附属医院的教学、科研、学科建设等学术事务。[5]
2013年，恢复复旦大学临床医学院建制。
2017年，中共复旦大学上海医学院工作委员会（简称上海医学院党工委）成立。[6]
2018年12月21日，教育部、国家卫生健康委员会、上海市人民政府正式签约，共建托管复旦大学上海医学院及其直属附属医院